Jan-Hendrik Wagner wurde 1995 in Hamburg geboren. Durch den Besuch vieler Kinderstücke entwickelte er schon früh ein Interesse fürs Theater. Selbst im Theater aktiv wurde er bereits vor seiner Ausbildung zum Schauspieler: Von 2011 bis 2016 war er regelmäßig im Jugendclub Performance am Ernst Deutsch Theater und spielte währenddessen bei den Produktionen „Heute bin ich blond“, „Anne, das Tagebuch der Anne Frank“ und „Die Welle“ auf der Hauptbühne des Ernst Deutsch Theaters. Seine Schauspielausbildung begann er 2017 bei der Schule für Schauspiel Hamburg und beendete sie nach einem Wechsel auf die Freie Schauspielschule Hamburg im Februar 2022. Ab 2017 spielte er in Inszenierungen beim Kultursommer Lauenburg, darunter in „Die Zauberflöte“, „Von Nixen und Wasserwesen“ und „Dido und Aeneas“. Am U3theater in Hamburg war Jan-Hendrik Wagner zu sehen in „Ein Sommernachtstraum“ und „Max & Moritz“ unter der Regie von Hartmut Uhlemann. Am Ernst-Deutsch-Theater in Hamburg spielte er zuletzt den Zauberer von Carrabas und einen Händler in „Der gestiefelte Kater“ (Regie: Hartmut Uhlemann). Seit 2018 arbeitet er außerdem als Synchronsprecher in Hamburg.
Sein Debüt bei den Kreuzgangspielen gab Jan-Hendrik Wagner 2023 als Wolf Akela und als Affenkönig King Chumpy in „Das Dschungelbuch“, im „Jedermann“ spielte er den Teufel und den Hausvogt. Wiedersehen werden wir ihn 2024 als Schaffner Michel in „Mord im Orientexpress“ und als Birks Vater Borka und als Mattisräuber Pelje in „Ronja Räubertochter“.